ฟูจิตะเกิดที่หมู่บ้าน Sone จังหวัดฟุกุโอะกะ ประเทศญี่ปุ่น ซึ่งปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของเมืองคิตะกีวชู เขารับการศึกษาที่สถาบันเทคโนโลยีแห่งคิวชู ในปีพ.ศ. 2496 เขาได้รับเชิญให้เข้าเรียนที่มหาวิทยาลัยชิคาโกโดยโฮเรซ อาร์. บายเออรส์ ผู้ซึ่งมีความสนใจในงานวิจัยของฟูจิตะโดยเฉพาะการค้นพบเกี่ยวกับดาวน์ดราฟท์แบบอากาศเย็น ฟูจิตะทำงานที่มหาวิทยาลัยชิคาโก จนกระทั่งเกษียณอายุในปีพ.ศ. 2533[3]